Die Untersuchung ist völlig unschädlich, der Patient wird insbesondere keiner Röntgenstrahlung ausgesetzt.
Die MRT zeigt gegenüber anderen bildgebenden Verfahren in der diagnostischen Radiologie oft eine bessere Darstellbarkeit vieler Organe. Sie resultiert aus der Verschiedenheit der Signalintensität, die von unterschiedlichen Weichteilgeweben ausgeht.
Manche Organe werden erst durch die MRT-Untersuchung gut darstellbar. MR-Aufnahmen von Weichgewebestrukturen wie Muskeln, Sehnen, Gelenkknorpel, Bändern und Blutgefäßen sind im Vergleich zu anderen bildgebenden Verfahren klarer und genauer.
Auch kann durch Variation der Untersuchungsparameter eine sehr hohe Detailerkennbarkeit erreicht werden. Diese übertrifft die Darstellbarkeit im Röntgen oder in der Computertomographie.
Eine weitere Verbesserung ergibt sich durch zwei Aufnahmeserien, die vor und nach der Gabe von Kontrastmitteln gemacht werden. Dadurch werden Entzündungsherde oder auch vitales Tumorgewebe besser erkannt.